Die Burg Matsumoto wurde 1593 von Ishikawa Kazumasa erbaut. Ihr Zweck war es, Tokugawa Ieyasu in Edo zu bewachen. In dieser Zeit bauten viele Feudalherren Schlösser. Dies setzte sich auch in der Tokugawa-Periode nach dem Ende der Schlacht von Sekigahara im Jahr 1600 fort, als immer noch Schlösser gebaut wurden. Die letzte Burg, die gebaut wurde, war die Burg Himeji (1620).

Die erste Burg war die von Oda Nobunaga errichtete Burg Azuchi (1576), die 1582 abbrannte. Die nachfolgenden Burgen ahmten die Burg Azuchi nach. Schlösser aus dieser Zeit werden als frühe moderne Schlösser bezeichnet, aber ihre Geschichte war kurz und dauerte höchstens 50 Jahre. Viele Burgen haben daher ein ähnliches Aussehen.

Später billigte das Edo-Shogunat die Errichtung neuer Burgen nicht, da sie nicht benötigt wurden. Auch das Tokugawa-Shogunat reduzierte die Zahl der Burgen, da es in Japan viele Burgen gab. Der Grund dafür war, dass Schlösser starke Festungen waren. In einer friedlichen Welt waren Festungen nutzlos. Das Edo-Shogunat beschränkte den Außenhandel auf die Niederlande und China. Das Jahr 1850 war die Ära Asiens. Im Jahr 1853 kamen die USA nach Japan und das Tokugawa-Shogunat öffnete das Land für die Außenwelt. Neben dem bestehenden Hafen von Nagasaki durften ausländische Schiffe auch Shimoda (Präfektur Shizuoka) und Hakodate (Hokkaido) anlaufen. Zu dieser Zeit wurde in Hokkaido eine moderne Burg namens Goryokaku als Gegenmaßnahme gegen Russland errichtet.

Danach kam es zu Kämpfen zwischen dem Tokugawa-Regime und den neuen Regierungstruppen, die 1868 in der Meiji-Restauration gipfelten. Zu dieser Zeit gab es in Japan etwa 170 Schlösser. Die Meiji-Regierung ordnete an, sie zu zerstören. Die Geister der Edo-Zeit wurden in der neuen Ära nicht mehr gebraucht. Das Schloss Matsumoto wurde zur Versteigerung angeboten. Der Bürger Ichikawa Ryozo aus Matsumoto setzte sich für den Erhalt des Schlosses ein und kaufte es mit Spendengeldern. In der Meiji-Ära (1868-1912) ließ Kobayashi Unari die beschädigten Gebäude reparieren. Die Burg Matsumoto war stark beschädigt, da sie 400 Jahre zuvor erbaut worden war und unter anderem durch eine Reihe von Erdbeben nach dem Zweiten Weltkrieg in Schieflage geraten war. Unter der Leitung des amerikanischen Soldaten F. Gallagher wurden Restaurierungsarbeiten durchgeführt, um der Burg ihr heutiges Aussehen zu geben.

Der 30 m hohe Bergfried war wahrscheinlich wie der Tokio-Turm in Matsumoto im Jahr 1593. Es ist immer noch ein schönes Matsumoto-Schloss, auch wenn sich die Zeiten geändert haben. Schnee passt zur Burg Matsumoto.